2006年2月 校區(qū)防洪堤工程開工。壩段全長1150米，造價300多萬元，永泰縣水利水電工程公司中標(biāo)承建。
2006年3月 二期學(xué)生公寓與食堂工程開工，造價約1700萬元，由福建六建建工集團公司中標(biāo)承建。
2006年3月 成立“平安校園”創(chuàng)建工作領(lǐng)導(dǎo)小組，陳明非任組長，陳雄任副組長。特聘荊溪派出所林存永副所長為院綜治辦副主任。
2006年4月 福建省衛(wèi)生廳黨組對院領(lǐng)導(dǎo)班子及其成員進行考核。
2006年4月 成立教職工防洪抗險隊（3個分隊），先后兩次排除洪水倒灌和管涌險情，為確保學(xué)校師生生命財產(chǎn)安全發(fā)揮了重要作用。
2006年4、5月 舉辦校園文化藝術(shù)節(jié)。
2006年5月 田徑運動場竣工，通過驗收投入使用。
2006年6月 成功承辦福建省衛(wèi)生系統(tǒng)2006年運動會，有12個代表團、800多名運動員參賽。
2006年7月 院黨建和思想政治工作研究會成立大會暨2006年年會、第二十屆教研科研學(xué)術(shù)交流會召開。陳明非當(dāng)選研究會會長，魏立娜、陳雄當(dāng)選副會長。
2006年7月 校區(qū)防洪堤工程竣工。
2006年7月 06屆學(xué)生畢業(yè)，其中大專生241名，中專生1038人，合計1279人。
2006年8月 公開招聘輔導(dǎo)員15人、教師3人，并進行全日制集中培訓(xùn)。
2006年8月 與長春醫(yī)高專共同承辦在長春舉行的全國高職高專教育藥學(xué)專業(yè)設(shè)置標(biāo)準(zhǔn)研討會，并受聘教育部委托，由我校牽頭負責(zé)制訂藥學(xué)專業(yè)設(shè)置基本標(biāo)準(zhǔn)。
2006年9月 新學(xué)年招收五年專新生850人，中專新生430人。
2006年9月 召開慶祝教師節(jié)暨2005－2006學(xué)年表彰大會，表彰教職工先進集體6個、先進個人91人。
2006年9月 藥物制劑技術(shù)和醫(yī)學(xué)檢驗技術(shù)兩個大專新專業(yè)通過福建省教育廳專家組辦學(xué)條件和教學(xué)管理檢查。
2006年9月 全院固定資產(chǎn)核查清理工作結(jié)束。 2006年10月 二期學(xué)生公寓與食堂工程竣工投入使用。
2006年10月 福建省高等院校設(shè)置專家組對我院申報福建醫(yī)學(xué)高等?？茖W(xué)校工作進行檢查指導(dǎo)。在此前后，申報醫(yī)高專和申請福建衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學(xué)院教育部報備工作緊鑼密鼓進行，并取得較大進展。
2006年11月 福建省副省長汪毅夫，省政府副秘書長方彥富，省教育廳廳長鞠維強、副廳長鄭祖憲，省衛(wèi)生廳副廳長陳秋立等領(lǐng)導(dǎo)來校視察。上級領(lǐng)導(dǎo)對我校近年來的發(fā)展給予了高度評價。
2006年11月 第二十九屆學(xué)生代表大會召開。
2006年11月 舉辦2006年體育節(jié)。這是我校遷入新校區(qū)后的第一個體育節(jié)，盛況空前。
2006年11月 與閩侯縣公安消防一中隊聯(lián)合進行學(xué)生消防逃生演練。
2006年11月 教工餐廳自助午餐開業(yè)。
2006年12月 出版首期《福建職業(yè)技術(shù)學(xué)院學(xué)報》。
2006年12月 藥學(xué)系制劑實訓(xùn)車間工程開標(biāo)，福建鵬興建設(shè)工程有限公司中標(biāo)，工程造價200萬元。
2006年12月 申報衛(wèi)生檢驗與檢疫技術(shù)、口腔醫(yī)學(xué)技術(shù)、生物制藥技術(shù)、醫(yī)學(xué)影像技術(shù)、醫(yī)學(xué)檢驗技術(shù)五個大專新專業(yè)獲福建省教育廳標(biāo)準(zhǔn)。
2006年12月 屏障系統(tǒng)動物實驗室獲福建省科技廳頒發(fā)的STF級實驗動物使用許可證，認定等級在我省醫(yī)藥類學(xué)校中僅次于福建醫(yī)科大學(xué)。
2006年12月 校區(qū)一期基建工程通過福州市建筑工程消防驗收。
2006年12月 福建省省屬高等院校安全條件檢查組來校檢查?！捌桨残@”創(chuàng)建工作受到好評。
